乌斯塔沙组织虽然达成了克罗地亚的独立，但是乌斯塔沙政权却同时残酷地镇压塞尔维亚人、犹太人和吉普赛人，根据统计，乌斯塔沙建立超过十个集中营，杀害达九万三千人；但是塞尔维亚人的切特尼克组织也杀害不少克罗地亚人，这都是导致南斯拉夫族群问题进一步恶化的历史原因之一。

　　乌斯塔沙领导层的家庭成员中有犹太血统或塞尔维亚血统的，会被授予“荣誉雅利亚人”的头衔。但是，一些低级别的乌斯塔沙分子不得不依靠杀害自己的塞尔维亚妻子或孩子来证明自己的忠诚。
　　乌斯塔沙把斯拉夫穆斯林看成穆斯林克罗地亚人。和塞尔维亚东正教徒不同的是，穆斯林并不受迫害。他们有的参加了乌斯塔沙的克罗地亚国防军，有的参加了乌斯塔沙的种族清洗活动，甚至还有的参加了纳粹德国党卫军，组成了党卫军第13“圣刀”志愿山地师（克罗地亚第一师）和党卫军第23“短剑”志愿山地师（克罗地亚第二师）。乌斯塔沙政*府甚至把萨格勒布的一座前博物馆改建为清真寺。除此之外，乌斯塔沙反对工业化和民主化。