然而，1938年1月7日，他记述道，1个妇女因全家其余17个亲人被杀，恍恍惚惚地在街上疯跑，另一个妇女的父母和3个孩子被杀，她用最后的钱买了棺木，日本人抢走棺木，并给出理由说中国人不必被收殓。1月25日，他记述道，一个中国人给日本人干了一天的活疲惫地回到家中，妻子端上几碗稀饭，全家6口就指望着这顿饭，一个日本兵过来，在碗里撒了一泡尿，扬长而去。2月7日，拉贝等在西康路附近的两个水塘里捞出124具中国人尸体，都被日本人用铁丝反绑了双手，他们先被机枪扫射，后被浇上汽油焚烧，因为要节约汽油，日军将他们烧得半焦后扔进了水塘。

　　拉贝平静地说“人们也许会认为，日本军队都是由释放出来的囚犯组成的，正常的人不会做出这等事来!”他同时为中国人的逆来顺受而痛心，但这种痛心也是平静的“如果每起强奸案都能遭到致命的报复，那么相当一部分占领军早就被消灭了。”

　　拉贝终于因为无休止的苦难而身心疲惫，他希望脱离南京这个让人类对自己的同类失去信心的悲剧舞台。回国前夕，金陵大学难民收容所3000妇女哭喊着包围了拉贝的汽车，他默默地下了车，径直步行离开他担任主席的国际安全区。

　　乘英国“蜜蜂”号炮艇离开时，他将一位一直隐匿在他家的中国空军机长伪装成自己的仆人带出了南京。